Veamos algunas diferencias también llamadas «Alternativas» a software común entre Windows y Linux.

Navegadores Web

Clientes de Correo Electrónico

Windows:

• Microsoft Outlook
• Outlook Express
• Mozilla
• Eudora
• Thunderbird
• Becky

Linux:

• Evolution
• Netscape / Mozilla
• Sylpheed, Sylpheed-claws.
• Kmail
• Gnus
• Balsa
• Arrow
• Gnumail
• Althea
• Liamail
• Aethera
• Thunderbird

Clientes FTP

Windows:

• Bullet.
• Proof FTP.
• CuteFTP.
• WSFTP.
• FileZilla.

Linux:

• Gftp.
• Dpsftp.
• KBear.
• IglooFTP.
• Nftp.
• Wxftp.
• Filezilla.
• axyFTP.

Clientes para Mensajería Instantánea

Windows:

• Gtalk
• ICQ
• aMSN
• MSN
• AIM
• Trillian ICQ
• Miranda
• Pidgin (MSN, Google Talk, Yahoo!, ICQ, XMPP, SIMPLE, AIM, IRC, etc.)
• Mercury Messenger(MSN)
• Kopete ( MSN, GTalk, yahoo, ICQ )
• emesene (MSN)

Linux:

• gaim
• aMSN (MSN)
• Pidgin (MSN, Google Talk, Yahoo!, ICQ, XMPP, SIMPLE, AIM, IRC, etc.)
• Licq (ICQ)
• Centericq (ICQ, consola)
• Alicq (ICQ)
• Micq (ICQ)
• GnomeICU (ICQ)
• Kopete ( MSN, GTalk, yahoo, ICQ )
• Everybuddy
• Simple Instant Messenger.
• Imici Messenger
• Ickle (ICQ)
• Kmerlin (MSN)
• Kicq (ICQ)
• YSM. (ICQ, consola)
• Mercury Messenger(MSN)
• Kxicq.
• Ayttm.
• Coccinella
• emesene (MSN)

Reproductores Música y archivos mp3 y ogg

Windows:

• aTunes
• foobar2000
• Winamp.
• Windows Media Player.
• Ogg Vorbis para Windows.
• Switch Sound File Conversion Software (archivos mp3 y ogg, además de 9 formatos de audio más).
• AIMP Classic.

Linux:

• aTunes
• Audacious
• XMMS (X multimedia system).
• amaroK.
• Rhythmbox
• Listen.
• Zinf. (former Freeamp)
• Songbird
• GQmpeg.
• SnackAmp.
• Noatun.
• Ogg Vorbis para Linux

Paquetes de oficina

Windows:

• MS Office
• StarOffice
• OpenOffice.org
• 602Software

Linux:

• Openoffice.org.
• Koffice.
• Gnome Office.
• Applixware Office.
• Siag Office.
• TeX.
• LaTeX.

Sistemas Matemáticos similares a Matlab

Windows:

• Matlab

Linux:

• Matlab para Linux.
• Octave (con la adición de GNUplot)
• Scilab
• R
• Yorick
• rlab
• Yacas
• Euler

Nota: Intente poner solo en los listados de Linux, Software que fuera libre, si no la lista seria mucho mas larga.

Si quieres ver la lista completa puedes dirigirte a la wiki oficial mediante el siguiente enlace.

Enlace: Wiki.